甲狀腺過氧化物酶是甲狀腺微粒體的主要抗原成分，其功能與甲狀腺素的合成有關。抗甲狀腺過氧化物酶抗體或抗甲狀腺微粒體抗體可能使甲狀腺細胞損傷。檢測抗甲狀腺過氧化物酶抗體的方法與抗甲狀腺球蛋白抗體類似。測定抗甲狀腺過氧化物酶抗體的臨床意義與抗甲狀腺球蛋白抗體也大致相同，主要對于慢性淋巴細胞性甲狀腺炎、甲狀腺功能亢進癥、原發性甲狀腺功能減退癥，有輔助診斷、療效考核價值。